我县水上运输业历史悠久，特别是海洋运输业近年来得到蓬勃发展，海运企业已从内河闯出大海，从木帆船、机帆船向钢质巨轮发展，从国内延伸至国外。目前，共有海上运输企业11家，从业人员2000多名，沿海运输船舶158艘、总吨位约93万吨(本县注册约38万吨)，年海运货运量达1200万吨。

其中，福建冠海海运有限公司是福建省最大的海上运输企业，固定资产10多亿元，拥有好望角型、巴拿马型、灵便型散装船以及支线集装箱船等在内的各类船舶16艘，总载重吨位76万多吨，在中国航运业企业总运力规模和自有船队规模排名第八位，已成为全国知名的从事国际、国内沿海、港澳台航线运输的专业化航运企业。

　　目前，我县海运业经营航线主要为：国内沿海及长江中下游、珠江水系普通货物成品油、化学品运输;国内沿海集装箱班轮运输;港澳航线。